Baltijos šalių istorijos programa gilina studentų supratimą apie skirtingas Baltijos regiono sampratas ir svarbiausius procesus, keitusius šio regiono visuomenes. Paskaitų metu daugiausia dėmesio skiriama Lietuvos ir Baltijos jūros regiono probleminių istorijos klausimų moderniaisiais laikais (XVI–XX a.) analizei, ypač konfesionalizacijos ir nacionalizmo epochose regione vykusiems pokyčiams.
Dvejų metų studijos organizuojamas lanksčiai, atsižvelgiant į studentų poreikius ir galimybes. Ketvirtas semestras skiriamas vien baigiamajam darbui rašyti konsultuojantis su studijų vadovu.
Studijos vyksta Klaipėdos universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institute. Tai kelis dešimtmečius gyvuojantis, tarptautinių ekspertų ne vieną kartą aukštai įvertintas universiteto padalinys, pasižymintis siūloma mokslo ir studijų, studentams perteikiamų teorinių žinių ir praktinių gebėjimų derme. Su studentais Institute dirba pripažinti mokslininkai, apie kurių indėlį į istorijos ir karybos istoriją plėtojimą nesunku rasti informacijos instituto svetainėje.
Baigusiesiems studijų programą suteikiamas Europos istorijos magistro kvalifikacinis laipsnis. Įgytas žinias bei kompetencijas absolventai gali pritaikyti dirbdami ne tik su istorijos tyrimais susijusiose institucijose, bet ir gretutinėse veiklos sferose – paveldosaugos, archeologijos, archyvistikos, muziejininkystės, pedagogikos, komunikacijų, turizmo, kultūros vadybos, visuomenės saugumo ir krašto apsaugos srityse, nevyriausybinėse įstaigose ir pelno siekiančiose organizacijose, kuriose gali būti pritaikomi informacijos rinkimo, jos kritinio apdorojimo, interpretavimo ir išdėstymo, mokslo ir taikomųjų problemų sprendimo įgūdžiai, analitinis mąstymas, užsienio kalbų žinios.
Baigę studijas absolventai yra pasirengę savarankiškam mokslo tiriamajam darbui, todėl gali tęsti studijas III studijų pakopoje (doktorantūroje).